一、申請資格

• 申請機構：係指依「科學園區設置管理條例」第4條規定，已完成園區公司設立登記，且財務健全之園區科學事業。惟經核准入區之公司，符合已承租土地且刻正進行建廠作業，致未能完成公司設立登記者，得不受前開完成公司設立登記之限制。
• 學研機構：
  1. 經國家科學及技術委員會核定納為國家科學及技術委員會研究計畫受補助單位，並與申請機構合作參與計畫研究者，且其主持人及共同主持人之資格須符合「國家科學及技術委員會補助專題研究計畫作業要點」第3點規定。
  2. 學研機構主持人應符合「國家科學及技術委員會補助單一計畫主持人計畫件數核給基準」第3點規定，於同一執行期間合計總件數不得超過四件(即四個計畫編號)。總件數中規劃推動案、產學案及研究案，任一類均不得超過兩件，獲有國家科學及技術委員會傑出研究獎等研究表現傑出人員，得多核給一件(不限補助案別)，但總件數仍不得超過前揭上限。
  3. 學研機構之主持人每1年度以參與1件科學園區新興科技應用計畫為限。
• 其他企業：指依我國相關法律設立登記且財務健全之獨資、合夥、有限合夥事業及公司，或辦理設立在臺分公司登記，並在中華民國境內營業且財務健全之外國公司。
• 申請機構及其他企業不得為陸資投資企業(依經濟部投資審議司公布之最新來臺陸資名錄)。如申請時非屬陸資投資企業，但於核定或簽約前經經濟部投資審議司公布為陸資投資企業者，科管局將退件或溯及喪失同意補助資格。
• 申請機構或其他企業於同一執行期間不得重複申請科管局相關產學合作計畫，倘經科管局查有重複申請者，將以退件辦理。
• 申請機構或其他企業最近三年因嚴重違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大經各中央目的事業主管機關認定者，不得申請本計畫
• 申請機構或其他企業最近三年內有欠繳應納稅捐，或最近一年內有積欠本局管理費、租金或有遲繳之紀錄者，不得申請本計畫。
• 申請機構或其他企業如屬總公司與分公司之關係，而申請聯盟型計畫者，將視同1間公司申請應用型計畫；或總公司與分公司於同一執行期間分開申請本計畫者，因分公司並無獨立之法人格，視同公司於同一期間重複申請科管局科學園區新興科技應用計畫，本局將不予受理分公司之申請，並將申請資料予以退回。
• 其他名詞定義：
  1. 財務健全：係指非屬銀行拒絕往來戶，公司淨值股東權益為正值。
  2. 同一執行期間：指計畫之執行期間重疊超過三個月。
  3. 公司淨值：係以申請時最近一年度會計師財務簽證之查核報告書為準；若無會計師簽證之查核報告書，則以營利事業所得稅結算申報書之資產負債表為準。公司於計畫申請當年度始登記成立者或成立未滿一年尚未有整年度財務報告者，得以公司設立登記資本額查核報告書，及最近一期會計師期中查核/核閱報告或申請前一個月之自編財務報表代替。如公司淨值原為負數，但於計畫申請前辦理增資，期中財務報表轉為正值，或是最近一期會計師期中查核或核閱報告已轉為正數，視同符合公司淨值為正之規定。

二、計畫類型

• 應用型：申請機構結合1家學研機構共同提出申請。
• 聯盟型：申請機構結合學研機構及其他企業共同提出申請；其他企業或學研機構，各別不得超過2家為限。
• 學研機構同單位，有2位以上申請人之情事者，以1家學研機構為申請計算；學研機構2家不同單位，共同申請之情事者，以2家學研機構為申請計算。

三、應備文件

• 申請公文（正本：博大股份有限公司；地址：300091新竹市新安路2號4F）。
• 申請檢核表1份。
• 申請機構聲明書、學研機構主持人聲明書、合作意向書等文件，倘有合作單位者亦同。
• 申請機構及其他合作企業應出具台灣票據交換所於受理申請截止日一個月內所開立之非屬銀行拒絕往來戶證明(票據信用資料查覆單)，以及前1年度經會計師簽證之財務報表。
• 申請機構及其他企業應出具財政部國稅局與稅捐稽徵處於受理申請截止日三個月內所開立之無違章欠稅證明。
• 申請機構與其他企業自籌款出資比率說明之書面約定文件(無其他企業者免附)。
• 利益迴避人員清單1份（請列出與所提計畫有利益衝突專家學者清單，並由計畫總主持人簽章，無則免附）。
• 申請計畫書1式2份（A4雙面列印）：
  1. 請依計畫類型填列計畫申請書。倘計畫申請書之內容，未依當年度公告格式填寫完整者，計畫辦公室將逕予退件，申請機構應確實填寫完整後，於受理申請期間內重新提出申請，逾期恕不受理。
  2. 計畫內容如有涉及人體試驗、基因重組、基因轉殖田間試驗、動物實驗、第二級以上感染性生物材料試驗等事項者，應檢附相關核准文件或實驗申請同意書等；核准文件未能於申請時提交者，須先提交已送審之證明文件，並於六個月內補齊。
  3. 上述申請應備文件倘經計畫辦公室檢核後有待補正事項，請申請機構於接獲通知後，依限進行補正，如逾期未補正，並經計畫辦公室第二次通知仍未補正者，視同放棄申請資格，計畫辦公室得予以退件；補正完成後，請申請機構依通知期限內，檢送申請計畫書(1式10份)及電子檔寄至計畫辦公室辦理。