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竹科管理局管轄的六大科學園區均有進行不同項目的生態調查，根據2019年至2020年生態調查結果，六大科學園區內鳥類、兩棲爬蟲類、哺乳類動物超過60種，而園區記錄的珍貴稀有保育類野生動物有林鵰、八色鳥、臺灣畫眉、彩鷸、黑翅鳶、大冠鷲及領角鴞等，而其他應予保育之野生動物種有臺灣藍鵲及紅尾伯勞等。
園區中發現紀錄的臺灣特有生物及臺灣特有亞種生物包含五色鳥、小彎嘴、盤古蟾蜍、斯文豪氏攀蜥、面天樹蛙、臺灣草蜥、月鼠、小黃腹鼠、臺灣小蹄鼻蝠等。
為提升園區之環境景觀品質，塑造良好的工作環境，園區積極推動永續環境建置，除配合政策辦理公有建築物綠建築標章取得，更藉由園區廠房建造執照核發管制，輔導園區廠商取得綠建築標章，除建築物外新竹科學園區亦取得「EEWH-EC綠建築標章生態社區」鑽石級認證標章，成為綠色永續發展之典範。截至2020年12月底，園區內建築物累計共取得13張鑽石級綠建築標章。
竹科管理局亦長期持續對園區公共區域進行植栽維護、環境清潔、排水疏通等工作，依不同季節定期對園區入口意象區或主要路段進行草花或灌木補換新植，增添園區景觀風采、變換四季景緻。2020年各園區植栽補換新植面積分別為：新竹4,890m2、生醫115m2、竹南520m2、銅鑼110m2、龍潭181m2、宜蘭319m2。
另於各園區公園或綠地，利用修剪下的枝條或回收廢棄物創作裝置藝術，為園區注入更加活潑生動的氣息。並積極推行廠商認養公園綠地，舉辦廠房綠美化評比，以激勵廠商共同提升園區環境美觀。
竹科管理局於廠商建廠時，規定需設置退縮綠帶且綠化面積應大於法定空地之50%，以串連園區的綠帶形成綠色廊道，使園區處處有綠意，彷彿置身於一座大公園，並藉由植栽達美化環境、舒壓、隔音及淨化空氣之目的。
目前新竹科學園區、龍潭科學園區、竹南科學園區及銅鑼科學園區之公園綠地認養計有24家廠商或機關單位參與，面積約33.6公頃，期望在竹科管理局及園區廠商共同努力下，持續提升園區之環境景觀品質。
靜心湖水質檢測及措施
靜心湖坐落於新竹科學園區之中，經早期開發為滯洪池與休憩環境維護至今，也是許多侯鳥與魚類的棲息地。現已成為竹科員工與附近居民之重要休憩與生活地點，儼然成為新竹科學園區豐富人文及自然生態之要角。
靜心湖為一座人工湖泊，蒐集竹科一期開發區及竹科三期的雨水溝之水量，扮演著濕滯洪池的關鍵功能。惟近年氣候變遷，雨水漸少，濕滯洪池在乾季易造成入水量短少，造成水流蓄積遲滯。故大部仰賴警察中隊旁之三期滯洪池之入水口為主要供水。出水口閘門處易因設計，唯有在溢滿時才得以少量排放。此設計雖保障水量的儲存，卻也導致沉積物與漂流物難以離開靜心湖，也衍生養分長久積聚含氮量與含磷量增加，面臨優養化之顧慮。
研究報告分析指出：靜心湖與蓮花池本身的養分濃度仍偏低，且水質仍偏鹼。雖然已有水藻成長跡象，但由於湖泊水量大可以調節濃度不至於過高，尚未出現水質酸化的現象，所以水質尚稱健康，優養化現象仍為初期，對依賴靜心湖的水生動物仍是屬於安全。
三期滯洪池的入水量占總入水量的七成。代表該池對靜心湖水位維持的重要性，也代表控制靜心湖的水質管理措施，必須延伸至三期滯洪池。
針對本研究報告，科管局管理單位提出並推動靜心湖水質精進改善措施，首先針對三期滯洪池入水口進行清淤工作，務期降低養分濃度改善水質；並進行出水口宣導減少餵食及清淤工作，以改善提升整體靜心湖水質。未來亦將考量近年氣候變遷，雨水漸少現象，加強入水量供應之改善措施，並對湖底保水防護結構進行維護工作，以持續維持靜心湖水質及環境健康。
自行車便捷公廁 
銅鑼園區西側邊界因苗栗縣政府闢建之自行車道經過，平日即為熱門景點，且每逢5月油桐花季更成為苗栗地區觀光勝地，惟鄰近地區缺乏公廁以服務遊客，故銅鑼鄉公所建請科管局於適當區位設置公廁，以滿足遊客需求。
公廁位置地處每逢油桐花季即有大批遊客造訪之觀光景點，建築外觀立面參考銅鑼當地桐花景觀特色，以陰刻手法將桐花意象展現在廁所外飾金屬格柵上，藉此將在地景觀文化融入於建築立面。
同時，公廁亦有充足之照明、良好通風、足夠蓄水量，並設有緊急求救裝置；目前共設置２座公廁，每座廁所設置無障礙廁所1處、女廁6處、男廁小便斗5處（馬桶3處），無障礙廁所亦設有尿布檯及小朋友馬桶供小朋友使用。期能使遊客及園區廠商在賞花及遊憩時，能有舒適的如廁空間。
大崎村涼亭 
為提升新竹園區雙園路側安遷戶社區有更好的休憩空間，科管局於大崎村活動中心旁公園內綠地建置一座供民眾休憩用之涼亭，並已完工啟用。
在興建本座涼亭過程中，科管局充分地與當地居民溝通，了解居民對於環境景觀和休閒之期待與需求，並委託世合工程顧問有限公司調查排水路及其鄰近地區環境現況設施後，提出設計方案。續以營造休閒、安全、景觀和生態的永續生活空間，就現地及民情考量為基礎設計出具地方特色的涼亭造型。
本座涼亭外觀設計除了避免花俏，首要考量以低調沉穩為主，涼亭主體及座椅材質以低維護且易養護為優先，並設置人行通道連接既有道路，避免積水，地坪周圍以草皮復原，與周遭環境維持一致性。涼亭興建工程經科管局向行政院農委會水土保持局申報簡易水土保持計畫書核定後，續於2019年11月19日科管局建造執照領照，終於2019年12月11日完工。
