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竹科管理局為優化園區創業及永續環境，以宣導、輔導及檢查全面向，積極提升園區事業安全衛生自主管理能力，
保障職場員工安全衛生及健康。經勞動部授權執行竹科園區勞動檢查業務，並辦理職業安全衛生宣導、輔導等工作，竹科管理局除了主動對園區事業實施勞動檢查(含危險性機械、危險性工作場所等各項檢查)外，並配合勞動部規劃實施專案檢查(如勞工身心健康保護專案檢查等)，積極辦理勞動法令及危害預防宣導會，傳達職場相關危害預防事項，以加強職安人員及廠護人員專業能力。
因應提升園區緊急應變能力之目的，輔導廠商成立「園區聯防組織」，在平日辦理相關訓練及演練，並建立「園區化學品自主申報平台」，要求事業應落實廠區化學品管理及定期申報化學品處置資料，以協助消防單位救災使用。此外，推行「高風險事業安全衛生及化學品輔導查核計畫」促使園區事業單位落實安全衛生工作，且建立「園區安全衛生專家平台」，以大廠帶小廠標竿學習模式，讓具安衛及健康管理實務經驗的大廠專業人員，輔導園區中小型事業單位，建置安全衛生自主管理制度，提升園區整體安全文化。
2019年4月勞動部評核小組至竹科管理局進行「勞動檢查機構績效考評」，考核內容包含園區職業災害降低情形、勞動檢查執行情形、減災策略工具執行情形、為民服務情形等各項業務辦理績效，考評結果竹科管理局獲得「優等」之殊榮，勞動部政務次長林明裕於9月19日「全國職業安全衛生及勞動檢查業務工作會報」頒發「優等」獎牌，肯定竹科管理局在勞動檢查業務之優異表現。
為鼓勵園區廠商及從業人員積極推動職業安全衛生工作，防止職業災害發生，特辦理「推行職業安全衛生優良單位、人員選拔」，2019~2020年共計有9個事業單位及20位優良人員獲得殊榮，得獎單位及人員並於「工安環保月開幕式」中公開頒獎表揚。
因應園區範圍擴展，強化園區安全防護能力由於犯罪問題的複雜化與警察人力資源有限，竹科管理局建置智慧型及行動化電子攝影系統，已於新竹、竹南、龍潭、銅鑼、宜蘭、生醫等6個園區各重要路口裝設電子監視及車牌辨識系統，成為協助園區遏阻犯罪及偵辦案件之重要幫手，大幅提升園區安全防護量能。
鑒於生醫及宜蘭園區近年入區營運廠商漸增並有多項重大建設，囿於地方政府警力不足，無法即時支援園區治安及交通作業，竹科管理局積極向內政部及行政院爭取警力進駐，終至2019年10月經行政院核定撥補30名警力，並於2020年2月12日成立宜蘭園區保警小隊及2021年1月1日生醫園區保警小隊進駐，保警進駐後，更能保障園區廠商及從業人員安全。
另因園區從業人口眾多，為加強對園區廠商及工作者之服務，除藉由保警警力負責園區治安維護外，亦辦理委外園區保全派駐，協助支援園區公共區域及園區住宅區安全巡視工作。
基於園市縣一體，強化園區災害防救能力新竹園區消防業務分別於2019年及2020年移轉新竹市、縣政府政府承接，至此，新竹科學園區消防業務均由各園區所在地之縣市政府消防局負責。為使新竹園區廠商消防安全更臻完善，竹科管理局自交接之初即編列5年預算經費共計新台幣3,766萬元，辦理新竹縣市消防經費補助計畫，這五年期間每年分別陸續補助新竹市、縣政府提升消防設備及人員救災能力，以增強新竹園區周圍消防分隊設備及救災能量。另亦成立新竹園區消防業務溝通平台，邀請新竹縣、市消防局、園區同業公會加入，透過每季平台召開運作，強化縣市、廠商及竹科管理局溝通聯繫機制，除可消弭新竹園區廠商對於不同消防單位實施檢查衍生之恐慌及疑慮，亦也提升園區廠商對於消防安全法令之認知。
除此，為提升搶救時效，避免災害擴大，及降低消防救災人員搶救時發生意外之風險，竹科管理局補助新竹市消防局編訂「廠商火災配合消防單位作業規範教材」，並辦理說明會擴大宣導，以協助廠商可確實配合教材規範。
另為提升園區廠商自救能力，竹科管理局亦與桃園市、新竹縣及新竹市政府等消防局分別在龍潭、生醫及新竹等園區舉辦消防演練，提升聯合救災之效能，並定期督導142家廠商辦理消防編組訓練演習，以協助廠商落實自衛自救。
2020年突如其來的COVID-19疫情影響世界各國，打亂了所有人的日常運作，全台都展開嚴密的防疫措施，竹科員工診所在園區擔任健康照護的重要角色，亦積極進行防疫物資整備、應變措施演練等計畫，期有效防杜疫情入侵與傳播，保障園區廠商員工的安全。
依據2019年衛生福利部所公布國人十大死因之首為惡性腫瘤（癌症），其中值得注意的是排序第三的肺炎，有鑑於此，員工診所發揮落實預防醫學保健，提供150多家合約廠商每年免費接受低劑量肺部電腦斷層檢查，截至2020年底已完成檢查約11,918人，這項免費低劑量肺部電腦斷層檢測措施，獲得多數廠家的感謝回饋，因為員工診所的用心與關懷，使患者能早期發現早期治療並重拾健康。
2019~2020年員工診所提供廠區骨質密度檢測儀（腳踝式）檢測人數2,708人，其中檢測值-1.5以下之異常人數合計263人，並進一步由員工診所提供雙能量骨質密度檢測及後續專業醫療追蹤服務。
接種疫苗是目前抵抗流感最有效的防護措施，員工診所秉持關懷及服務的理念，積極推動流感疫苗施打服務，2019~2020年提供注射約12,500人。此外，亦辦理急救訓練課程31場、CPR/AED教學48場、到廠超音波檢查19場、廠區眼壓檢測、視力檢查40場及其他多元健促講座課程等，園區廠商員工參與十分踴躍，可藉以加強員工對於自己健康的重視，並讓員工診所能為園區健康照護善盡一份心力。
