局長由行政院指派,負責綜理整體局務,副局長二人、主任秘書一人由國家科學及技術委員會指派。竹科管理局下設企劃、投資、環安、工商、營建、建管等六組及秘書、人事、政風、主計等四室。
竹科管理局為公務機關,財政來源有包含國庫負擔及自行籌措部分,預算規模包含維持竹科管理局執行公務時所編列經費之公務預算及維持園區內營運所編列經費之作業基金預算,所有預算書及決算書均公告於竹科管理局官方網站。
為縮短園區廠商申辦作業流程,竹科管理局秉持全面提升行政效率與服務品質之使命,以建全的資訊系統與快速的服務流程,提供「單一窗口服務」。舉凡屬投資申請、建廠申辦、公司及工廠登記、進出口簽證、勞工事務、勞動檢查等業務,都能直接在竹科管理局辦理。另政府相關部門亦在園區設立分支機構,共同提供更具效能的行政服務。